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User Manual for MEGAN V3.8 - HIGH THROUGHPUT SEQUENCING User Manual for MEGAN V3 8 Daniel H Huson and Stephan C Schuster with contributions from Alexander F Auch Daniel C Richter Suparna Mitra and Qi Ji February 4 2010 Contents Contents 1 1 Introduction 3 2 Getting Started 5 3 Obtaining and Installing the Program 5 4 Program Overview 6 5 Importing Reading and Writing Files 6 6 The NCBI Taxonomy 7 7 The NCBI NR and NCBI NT Databases 7 8 Identification of COGs 7 9 Assigning Reads to Taxa 8 10 Assigning Reads to Gene On |
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